加盟当初、約2％であった国連通常予算の日本分担率(2003年)は、19.51575％となっています。

人間安全保障の分野において、日本は1999年3月、小渕恵三首相のイニシアチブで約5億円を拠出し、国連に「人間の安全保障基金」創設しました。この基金は、貧困、エイズ等感染症、紛争、対人地雷などに対処する様々な国連活動を支援するために使われています。

その後、99年度補正予算で、同基金に66億円を計上し、コソボ復興難民帰還および東ティモール復興を支援。また森首相がミレニアムサミットにおける演説で、人間の安全保障を日本外交の柱の一つと位置づける姿勢を発表しました。さらに翌2000年に40億円、2001年には77億円を追加拠出しました。

2001年度までに同基金への拠出金額は累計189億円にのぼり、国連の信託基金の中で最大のものになっています。

任意拠出金で賄われる国連人口基金（UNFPA）、国連難民高等弁務官事務所（UNHCR）、世界食糧計画（WFP）、国連開発計画（UNDP）、国連児童基金（ユニセフ）などの基金やプログラムに対して、日本は主要な拠出国となっています。2000年の実績（ODA白書、2002年）では、UNFPA（コア）が4,828.5万ドル（拠出率、第2位）、UNHCRが1億100万ドル（同、第2位）、WFPが2億6,000万ドル（同、第2位）、UNDP（コア）が1億ドル（同、第1位）、ユニセフ（コア）が2,559.6万ドル（同、第5位）でした。

また、これらの国連機関のいくつかは、日本政府と「マルチバイ協力」を行なっています。マルチバイ協力とは、援助国と国際機関が協力して、それぞれが持つ情報、ノウハウ、人材、資金等の目的のために利用することにより、開発援助の効率・効果を高めようとするものです。

例えば、日本政府は、2005年までに地球上からポリオ（小児麻痺）の根絶を宣言するという世界目標の達成に貢献するために、ユニセフと協力して、ポリオワクチンやそれを保管するための冷凍庫・冷蔵庫・ワクチン運搬箱など必要な資機材をアジア・アフリカの多くの国々に供与しています。2000年10月には西太平洋地域におけるポリオ根絶宣言がなされました。なおユニセフの場合には、日本の一般市民の支援がとても大きく、2002年の民間拠出額は約9,400万ドルに達しています。

1969年、当時のウ・タント事務総長が提唱した国連大学（総会は1973年、国連大学憲章採択）について、その招致を決めた日本政府は1975年、東京に暫定的な本部を設置し、事業を開始しました。日本政府は1986年までに、段階的に計1億ドルを拠出。1992年6月には、東京に恒久本部施設を完成しました。この土地は東京都から、建物は日本政府から、無償で貸与されたものです。

ODA白書（2002年発行）によれば、2000年の日本の政府開発援助(ODA)は、総額135.08億ドル、GNI比0.28%となりました。このうち、国連諸機関を中心とする国際機関への拠出は、15億9,820万ドル、世銀等の国際開発金融機関に対する出資・拠出は、21億8,030万ドルです。この２つをあわせた金額は37億7,850万ドルで、ODA全体に占める割合は28.0％となっています。