加盟当初、約2％であった国連通常予算の日本分担率(2010-2012年)は、12.53％となっています。

人間安全保障の分野において、日本は1999年3月、小渕恵三首相のイニシアチブで約5億円を拠出し、国連に「人間の安全保障基金」創設しました。この基金は、貧困、エイズ等感染症、紛争、対人地雷などに対処する様々な国連活動を支援するために使われています。
その後、99年度補正予算で、同基金に66億円を計上し、コソボ復興難民帰還および東ティモール復興を支援。また森首相がミレニアムサミットにおける演説で、人間の安全保障を日本外交の柱の一つと位置づける姿勢を発表しました。さらに翌2000年に40億円、2001年には77億円を追加拠出しました。

外務省プレスリリース（2009年4月30日発行）によれば、日本は、これまでに総額約373億円（約3億3,043万ドル）を拠出しています。この基金は、人間の生存、生活、尊厳に対する多様な脅威に対して人間の安全保障の視点から取り組む国連関係国際機関の190件以上のプロジェクトを支援してきています。

また、日本は、任意拠出金で賄われる国連人口基金（UNFPA）、国連難民高等弁務官事務所（UNHCR）、世界食糧計画（WFP）、国連開発計画（UNDP）、国連児童基金（ユニセフ）などの基金やプログラムに対し、資金を提供しています。2008年の実績（ODA白書、2008年）では、UNFPA（コア）が29,660千ドル（拠出率、第6位）、UNHCRが110,871千ドル（同、第3位）、WFPが177,900千ドル（同、第4位）、UNDP（コア）が73,137千ドル（同、第6位）、ユニセフ（コア）が15,705千ドル（同、第10位）でした。

1969年、当時のウ・タント事務総長が提唱した国連大学（総会は1973年、国連大学憲章採択）について、その招致を決めた日本政府は1975年、東京に暫定的な本部を設置し、事業を開始しました。日本政府は1986年までに、段階的に計1億ドルを拠出。1992年6月には、東京に恒久本部施設を完成しました。この土地は東京都から、建物は日本政府から、無償で貸与されたものです。

ODA白書（2009版）によれば、2008年の日本の政府開発援助(ODA)は、総額176億4907万ドル、GNI比0.19%です。このうち、国連諸機関を中心とする国際機関への拠出は、8億9,770万ドル、世銀等の国際開発金融機関に対する出資・拠出は、18億6200万ドルです。この２つをあわせた金額は27億5,970万ドルで、ODA全体に占める割合は29.3％となっています。