国連において日本のNGOも活躍しています。女性の地位向上の分野においては、日本の国連加盟の翌年（1957年）からすでに「国連NGO国内婦人委員会」が推薦する民間の女性が日本政府代表代理として、毎年、総会第３委員会に参加してきました。初の世界女性会議（1975年）、および第2、3回女性会議では、並行して開かれたNGOフォーラムに日本から数百人が参加しました。特に、NGOとのパートナーシップが強調されるようになった地球サミット後の第4回世界女性会議（1995年）では、約5000人の日本人がNGOフォーラムに参加しています。また1994年の国際人口開発会議以降には、日本のNGOも政府代表団に加わり、政府間会合に出席するようになりました。

国連では、経済社会分野の活動において専門性を有し、国連を支援するNGOに対して、経済社会理事会における協議的地位を与えています。こうしたNGOは、経社理およびその補助機関の会議に出席し、意見書を提出したり、口頭による意見表明をしたりすることができます。現在、世界の3,000以上のNGOがこの協議資格を有し、国連の重要なパートナーとなっています。日本に本部を置くNGOとしては、約40の団体が協議資格を有しています。また、これとは別に、やはり日本に本部のある30近いNGOが、国連広報局（DPI）のパートナーとして、国連広報活動を支援しています。