2006年3月24日、安全保障理事会第5396回会合で採択

安全保障理事会は、
スーダン情勢に関し、従前の安保理諸決議、とりわけ決議1627（2005）および1653（2006）、ならびに、安保理議長諸声明、とりわけ2006年2月3日の議長声明（S/PRST/2006/5）を想起し、

スーダンの主権、統一、独立および領土保全を守る安保理の公約を再確認し、

当事者による2005年1月9日の包括的和平合意の履行を歓迎するとともに、当事者に対し、直ちにその公約を果たすよう求め、

兵力提供国が国際連合スーダン・ミッション（UNMIS）への支援を決意していることを多とし、および、UNIMISが包括的和平協定の時宜に適った履行を支援するための展開を促し、

ダルフール紛争の全当事者が暴力と残虐行為に終止符を打つ必要性を最も強い言葉で繰り返し表明し、

アブジャ協議を緊急に妥結に導くことの重要性を強調し、および、当事者に対し、できるだけ早く和平合意を締結するよう要請し、

アフリカ連合平和安全保障理事会第46回会合の2006年3月10日の声明、および、アフリカの平和、安全および安定の促進におけるアフリカ連合と国際連合との提携の枠組み内で、原則としてアフリカ連合スーダン・ミッション（AMIS）から国際連合の活動への移行を支持し、ダルフールに関する和平合意を2006年4月末までに締結することを目指し、AMISの職務権限を2006年9月30日まで延長する旨の同理事会の決定を歓迎し、

スーダンで多数の罪のない民間人を殺害、拉致、強制退去させた「神の抵抗軍（LRA）」による長期的で残酷な反乱など、武器や武装集団の越境移動について深い懸念を表明し、

スーダン情勢は引き続き、国際の平和と安全に対する脅威であると判断し、

1. UNMISの職務権限を、さらに延長する意図を保ちつつ、2006年9月24日まで延長することを決定する。
2. 事務総長に対し、UNMISの職務権限遂行状況に関し3カ月ごとに、安保理に報告するよう要請する。
3. UNMISはあらゆるレベルで密接かつ継続的にAMISとの連絡、調整を行うべきだとする決議1590（2005）第2項の要請を繰り返し表明し、UNMISに対し、この点での取り組みをさらに強化するよう求める。
4. アフリカ連合と共同で、安保理との密接かつ継続的な協議を経て、国民統一政府を含むアブジャ和平協議の当事者との協力と緊密な協議を行いつつ、UNMISが兵站、移動および通信面での援助を含め、AMISへの適切な暫定的追加援助を通じて、ダルフールにおける和平への取り組みをどのように強化できるかについての選択肢をはじめ、AMISから国際連合の活動への移行のために必要な準備計画の策定を迅速化すること、ならびに、2006年4月24日までに、ダルフールにおける国際連合の活動に関する可能な選択肢を安保理に提示し、その検討を求めることを、事務総長に対し、要請する。
5. 事務総長に対し、AMISへのできる限りの援助提供を続けるよう促す。
6. 事務総長とアフリカ連合に対し、国際機構・地域的機構および加盟国と協議の上、国際連合の活動への移行期間中にAMISを支援するための財源を特定するよう要請する。
7. 「神の抵抗軍（LRA）」など、スーダンで民間人に対する攻撃と人権侵害を続けている民兵組織や武装集団の活動を強く非難し、（トルするとともに、）この関連でUNMISに対し、現行の任務と能力を最大限に活用するよう求める。
8. 決議1653（2006）、および、事務総長が安保理に対し勧告を行うべきだとする同決議の要請を想起し、（2006年4月24日までに、UNMISをはじめとする国際連合の機関とミッションが、どのようにすればLRA問題により効果的に取り組むことができるかに関する提案を含める形で、かかる勧告を受け取ることを期待する。
9. スーダンの当事者に対し、包括的和平合意の規定に従い、元戦闘員の武装解除・動員解除・社会復帰（DDR）に向けた国内機構の設置を完了し、決議1590（2005）に定めるとおり、UNMISの援助を得て包括的なDDRプログラムの策定を迅速化するよう促す。
10. この問題に引き続き積極的に取り組むことを決定する。

S/RES/1663 (2006)